Tiền thân của Trung tâm Công nghệ phần mềm Thủy Lợi ngày nay là Trung tâm Công nghệ phần mềm Thủy Lợi trực thuộc Viện Khoa học Thuỷ Lợi, được thành lập theo quyết định số 97/2000/QĐ/BNN/TCCB ngày 28 tháng 8 năm 2000 của Bộ trưởng Bộ NN & PTNT. Năm 2008, Trung tâm Công nghệ phần mềm Thủy Lợi được tái thành lập theo quy định tại Điều 2, Quyết định số 594/QĐ-TTg ngày 10/5/2007 của Thủ tướng Chính phủ về việc Thành lập Viện Khoa học Thủy Lợi Việt Nam trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại Viện Khoa học Thủy lợi và Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam.
